Situata higjenike përsa i përket Liqenit të Shkodrës dhe lumenjve paraqitet normale. Sipas shefit të higjenës pranë Drejtorisë së Shëndetit Publik në Shkodër, ka rezultate të mira përsa i përket cilësisë së ujit.

Për fat të mirë, ujërat e zeza të qytetit të Shkodrës, të cilat hidhen janë përtej Urës së Vjetër të Bunës fatmirësisht nuk ndikojnë shumë në cilësi. Mëgjithatë, ato monitorohen, sidomos përgjatë periudhave të shirave. Ndërsa probleme të tilla fatmirësisht nuk ka përsa i përket detit. Ujërat e zeza të qytetit, sipas Gjylit dikojnë në papastërti, megjithatë rezultatet flasin për norma të pranueshme dhe nuk ka asgjë për t’u alarmuar.

Ujërat e Liqenit të Shkodrës paraqiten në nivele të mira dhe pa ndotje alarmante, të paktën në ujërat sipërfaqësor.